Yvan Colonna, principal suspect dans cette affaire, était en fuite lorsque s'est ouvert, devant la cour d'assises spéciale de Paris, le procès des huit membres du commando impliqué dans le meurtre du préfet. Il a été arrêté peu après, le 4 juillet 2003. Trois semaines plus tard, les membres du commando étaient lourdement condamnés à des peines allant jusqu'à la perpétuité.

Le 21 mai 1999, la Division Nationale Anti-Terroriste (DNAT) arrête Didier Maranelli, Pierre Alessandri, Marcel Istria, et Alain Ferrandi, ainsi que cinq autres personnes. Les membres du commando ont été repérés à l'aide de leurs téléphones portables.

Dans la nuit du 22 Mai 1999, Didier Maranelli livre sous la pression, les noms de trois autres membres du commando et désigne Yvan Colonna comme le tueur du préfet. Les policiers interpellent Joseph Versini et Martin Ottaviani le 23 mai 1999, mais Yvan Colonna parvient à prendre la fuite.

Le 30 mai 1999, Vincent Andriuzzi est arrêté, Jean Castela le sera le 2 décembre. Présentés comme les « intellectuels » du réseau, les deux enseignants sont mis en examen pour « complicité d'assassinat ».

Condamnés par la cour d'assises spéciale de Paris, ils sont acquittés en appel pour l'assassinat du préfet Érignac et condamnés pour d'autres faits avant d'être remis en liberté.

L'instruction judiciaire menée durant près de trois ans par la juge Laurence Le Vert a été marquée par un coup de théâtre : l'aveu surprise de l'un des membres du commando, Pierre Alessandri, l'ami d'enfance d'Yvan Colonna, s'accusant d'être le tireur. « C'est moi qui ai tué le préfet », a-t-il écrit le 25 septembre 2004 dans un courrier à la juge.

Contre Colonna, l'accusation dispose cependant des témoignages concordants de plusieurs membres du commando qui l'ont désigné comme le tireur devant les enquêteurs puis devant la juge d'instruction avant de se rétracter.

Pour la défense de Colonna, le nom de leur client aurait été soufflé par des policiers. Ses avocats ont dénoncé « des dysfonctionnements » dans l'instruction menée « sans preuve » contre leur client. Sa présence sur le lieu du meurtre, quant à elle, n'a pas pu être établie par des relevés téléphoniques, contrairement aux autres accusés.

En avril, le juge des référés du tribunal de Paris a estimé que Nicolas Sarkozy n'avait pas porté atteinte à la présomption d'innocence d'Yvan Colonna.

Yvan Colonna et sa défense reprochaient à l'actuel chef de l'Etat de l'avoir à plusieurs reprises publiquement présenté comme coupable avant tout jugement, et notamment le 5 janvier 2007, lors d'un déplacement à Sainte-Lucie de Tallano. M. Colonna a fait appel.

En cavale pendant quatre ans, Colonna a été arrêté le 4 juillet 2003 dans le maquis corse et mis en examen pour « assassinat », quelques jours seulement après le début du procès du commando impliqué dans le meurtre du préfet. Yvan Colonna, qui a toujours nié être impliqué dans cet assassinat, encourt la réclusion criminelle à perpétuité.

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